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L'UPPA est réorganisé en 3 collèges :

  • Collège EEI : Études européennes et internationales
    comprenant, sur le campus de Bayonne, des unités de formation internes (départements de formation), l'IAE école universitaire de management, des unités de recherche internes, une école doctorale et des services administratifs.

  • Collège SSH : Sciences sociales et humanités
    comprenant, sur les campus de Pau et de Tarbes, des composantes internes de formation niveau L, M et recherche, une école doctorale et des services administratifs.

  • Collège STEE, Sciences et technologies pour l'énergie et l'environnement,
    comprenant, sur les campus de Pau, Bayonne, Anglet et Mont-de-Marsan, la totalité des sciences et technologie de l’université ainsi que des formations dans le domaine tertiaire avec au total deux IUT, deux écoles d’ingénieurs, deux composantes « Licences », quatre composantes « Masters », une école doctorale (sciences exactes et leurs applications), huit unités de recherches dont cinq unités mixtes de recherche et une unité mixte de service  (en cotutelle avec le CNRS, l’INRA, Inria et TOTAL), trois équipes d’accueil, une fédérations de recherche (CNRS), une fédération de recherche et un centre de service expérimental.